1962년 6월 20일 도립보건진료소를 발족하여 9월 15일 건물을 준공하였다. 1995년 1월 1일 포항시 남구보건소로 명칭을 변경하고, 2001년 6월 1일 현재의 건물로 이전하였다. 규모는 대지면적 7,361㎡에 연면적 3,097㎡이다. 기구는 보건행정과와 건강관리과로 이루어져 있으며, 7개 보건지소와 11개 보건진료소를 관할하고 있다.

주요 활동은 의무·약무 관리, 급·만성 전염병 관리, 예방접종, 금연·절주·비만 관리, 암 검진사업, 고혈압·당뇨병 검진사업, 결핵 관리, 임산부·영유아 건강증진사업, 구강보건사업, 노인보건사업, 희귀·난치성 질환자 의료비 지원사업, 치매환자 관리 사업 등이며, 심전도기와 간염희석기, 단파치료기 등의 의료장비를 구비하고 직접적인 진료와 치료를 병행하고 있다.